PC : 読み直したら、方法がちゃんと書いてありません。あれ。
えーと、ports tree を全部更新しなくとも、ports/INDEX だけ更新すれば version up したか どうかのチェックはできるみたいなので、とりあえずそれだけして、version up したものだけを tarball で個別に取得して upgrade する、という方法です。
今のところ、veresion 違いで共存できる ports の区別ができません。devel/autoconf* とか。 どうしましょう。